分子对接（molecular docking）是分子模拟的重要方法之一，其本质是两个或者多个分子之间的识别过程，早期的分子对接方法使用分子力学方法或者量子化学方法计算小分子之间分子识别，然而由于算法和计算机处理能力的限制，较难处理含有大分子的分子对接过程。随着计算机算力的大幅提升，几何匹配计算通常采用格点计算，片段生长等方法，能量计算则使用模拟退火、遗传算法等方法，广义上定义为刚性对接，半柔性对接与柔性对接这三种对接方法。空间匹配是分子间发生相互作用的基础，能量匹配是分子间保持稳定结合的基础。通过空间匹配和能量匹配，目前分子对接方法在小分子药物设计、多肽类药物设计、抗体类药物设计以及核酸抑制剂等领域有着广泛的应用。

技术流程

1、首先准备配体结构文件，对其进行预处理（结构转换、结构优化）；

2、准备蛋白的晶体结构文件，对其进行预处理（结构修复和调整）；

3、如果没有蛋白晶体结构，我们需要完整的氨基酸序列进行结构建模；

4、准备好蛋白之后需要进行活性位点预测，找出大致的对接口袋位置；

5、以预测的口袋位置中心为坐标原点建立对接盒子，形状大小视项目而定；

6、对接盒子大小等参数根据对接的配体信息（例如配体大小）进行设定；

7、以上步骤确定好后，需要设定最后的对接参数以及选择对接精度；

8、检查结构文件和参数文件，视项目情况调用服务器资源启，动对接程序。

技术参数

客户提供配体受体信息：小分子结构或cas号、蛋白序列或者编号

收费标准：1000元/工时，根据所需分析/筛库数据量，约需3-12小时不等。